Em 2020 com a reorganização da Rede de Instituições Públicas do Ensino Superior, publicado em Decreto Presidencial n.º 285/20 de 29 de Outubro, a UJES ficou circunscrita à província do Huambo e, de acordo com o Decreto Presidencial n.º 286/21 de 2 de Dezembro, passou a ter 7 (sete) Unidades Orgânicas, sendo 6 (seis) Faculdades e 1 (um) Instituto Politécnico.
Órgão de superintendência: Ministério do Ensino Superior, Ciência, Tecnologia e Inovação. Órgãos de Gestão: Reitor, coadjuvado por dois Vice-Reitores, as Unidades Orgânicas são administradas por Decanos e por dois Vice-Decanos sendo um para os Assuntos Académicos e o outro para os Assuntos Científicos e Pós-Graduação.